En adoptant la loi sur l’eau et les milieux aquatiques en 2006 puis le Grenelle de l’environnement en 2009, la France a marqué sa volonté de mener d’une part une politique de l’eau ambitieuse et efficace en faveur de la reconquête du bon état des eaux dans le cadre de la directive cadre européenne sur l’eau, et d’autre part une politique nouvelle intégrant biodiversité et aménagement du territoire avec la Trame verte et bleue.
La législation sur l'eau dispose d'outils adaptés pour réglementer les installations, ouvrages, travaux ou activités (IOTA) implantés ou réalisés dans le lit mineur des cours d'eau ou impactant les zones humides. Ce sont, en particulier :
Mesure phare du Grenelle de l’environnement, la Trame verte et bleue, définie dans les schémas régionaux de cohérence écologique (SRCE), s'appuie sur les cours d'eau classés au titre de la législation sur l'eau, mais elle permet aussi de compléter ce dispositif :