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La préservation des continuités écologiques vise au moins le maintien de leur fonctionnalité.
La remise en bon état des continuités écologiques vise l’amélioration ou le rétablissement de leur fonctionnalité. Elle peut induire des travaux de restauration, d’investissements (plantation, écoponts, etc) ou de simples changements de gestion (réouverture par pâturage extensif, gestion des niveaux d'eau, etc).
Cette fonctionnalité conditionne notamment le maintien et la capacité d’adaptation des écosystèmes. La lutte contre la dégradation des milieux permet de lutter contre les espèces exotiques envahissantes dont le développement est favorisé dans les espaces dégradés.
La fonctionnalité des continuités écologiques repose notamment sur :