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Les grandes infrastructures de transport affectent les réseaux écologiques et nécessitent la mise en place de mesures d’atténuation tels que les passages à faune. Nous proposons dans cet article un cadre méthodologique, appliqué à un vaste réseau autoroutier dans le Nord de la France, qui permet d’identifier i) les ouvrages existants à améliorer en priorité à travers un indicateur de fonctionnalités écologiques permettant d’identifier les zones les plus stratégiques en termes de connectivité où une amélioration des fonctionnalités des ouvrages serait le plus profitable pour la faune, et ii) les emplacements favorables pour créer de nouveaux ouvrages au regard des gains générés sur la connectivité des habitats. Une analyse multi-espèces a été mise en œuvre à partir de 9 espèces caractéristiques de la Trame verte et bleue réparties en 3 groupes liées aux préférences d’habitats. L'originalité de notre approche réside en l’identification des ouvrages existants à améliorer et des nouveaux ouvrages à créer pour favoriser les continuités écologiques, mais surtout par le couplage d’une approche de modélisation et d’une expertise opérationnelle tenant compte du contexte local pour préciser les détails techniques. Cette étude innovante à visée opérationnelle a été une véritable aide à la décision pour le maitre d'ouvrage et les services de l'État, soucieux d'améliorer le franchissement des infrastructures de transport par la faune.