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La continuité écologique se définit par la libre circulation des espèces, une hydrologie proche des conditions naturelles et le bon déroulement du transport naturel des sédiments. Les connexions latérales (bras mort, zones d’expansion des crues) et verticales (nappe phréatique) doivent aussi être assurées. La fragmentation des cours d’eau par les barrages, seuils et endiguements a des conséquences lourdes sur la morphologie des rivières, leur hydrologie, leur qualité chimique et la survie des espèces. La notion de continuité écologique des milieux aquatiques a été introduite par la Directive Cadre sur l’eau (DCE) en 2000 puis reprise par la Loi sur l’Eau et les Milieux Aquatiques (LEMA) de 2006.
L’altération de l’hydromorphologie représente l’un des principaux facteurs de risque de non atteinte du bon état des eaux superficielles en 2015 pour 50 % des masses d’eau. En France, plus de 60 000 obstacles (barrages et seuils de moulins) sont recensés à ce jour, 90 % sont sans usage économique avéré et moins de 4 % sont équipés d’un franchissement piscicole. La restauration de la circulation des espèces et le rétablissement du transit sédimentaire sont devenues une des priorités des politiques de l’eau.
La restauration de la continuité écologique est au centre de nombreux débats, de contestations et de polémiques, car les enjeux ne sont pas forcément bien compris. Dans le débat public qui s’est engagé, des affirmations sont souvent émises venant contester les connaissances scientifiques les mieux établies et qui ne font plus débat dans la communauté des chercheurs depuis bien longtemps. Pour faire comprendre en quoi la restauration de la continuité des cours d’eau est essentielle, les affirmations les plus fréquemment émises par des acteurs contestant le bien-fondé d’un retour à des rivières vivantes ont été revisitées dans ce document