En 1984, la Commission de Protection des Eaux (CPEPESC) de Franche-Comté lance un programme ambitieux de protection d’un ensemble de sites pour les chiroptères en Franche-Comté avec l’appui des préfectures, de la Direction Régionale de l’Environnement et la volonté des différents propriétaires et communes.
Une des espèces les plus menacées était le Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii), chauve-souris strictement cavernicole, située au nord de son aire de répartition européenne, réalisant l'ensemble de son cycle annuel biologique dans les milieux souterrains naturels ou artificiels. Classé «Faible risque - quasi menacé» au niveau mondial (UICN, 1996), le Minioptère de Schreibers reste une espèce menacée et étroitement dépendant d'un nombre limité de refuges, en particulier en période hivernale.
Sur cette base, dès 1989, de nombreux sites souterrains furent protégés en Franche-Comté pour le Minioptère de Schreibers, et les chiroptères en général, dont 2 Réserves Naturelles Nationales, 3 Réserves Naturelles Volontaires (devenues aujourd’hui « Régionales ») et plus de 50 sites en arrêté préfectoral de protection de biotope. Cette stratégie de conservation s'est accompagnée de prudence sur les mesures de protection à mettre en œuvre, l'acquisition de connaissances sur le régime alimentaire et territoires de chasse, etc.