La forêt départementale de la Combe d’Aillon est concernée en partie par le site Natura 2000 « Mont Colombier » sur le secteur du Muret sur environ 300 hectares. A ce titre, et dans le cadre de la révision du document d’aménagement, le Conseil Général de la Savoie, l’Office National des Forets et le Parc naturel régional du Massif des Bauges ont recherché une gestion forestière conciliant enjeux économiques et enjeux environnementaux, en s’appuyant notamment sur de nombreux inventaires réalisés sur cette forêt.
Pour aller plus loin dans la démarche, une réflexion a été lancé sur la mise en place d’un réseau d’îlots de sénescence en zone de production. Située en site Natura 2000, la forêt départementale sur le secteur du Muret a pu bénéficier d’un contrat Natura 2000 forestier "Dispositif favorisant le développement de bois sénescents (F 22712) pour faciliter la mise en place du réseau d’îlots".